这时商毅收到琉球发来的消息时候，永安朝廷派来的代表张煌言和尚之孝己经到达了南京，绍武朝廷那一边的代表郑鸿逵和顾元镜也己经出发了，而永历朝廷也正式答复，也将会派出使臣到南京来参加会谈，现在就等着三方的代表到齐。
因此就趁着这个空闲的时候，商毅也开始布置打击日本的军事计划，前一段时间，曰本正式关闭了大阪的商馆，同时又扣压了中国的商船，抓捕了中国的商人和船员，经过了［杭州时报］的大力报导之后，在江浙一带也引起了不小的愤慨。
这个时侯的中国人对日本虽然并不仇视，但都带有一股天朝上国的敖视心里，加上这几年来商家军在海上几乎所向无敌，两败西班牙，收复台湾，进军琉球，大败曰本萨摩藩，虽然没有打出保护商人的旗帜，但也使在海外经商的中国商人扬眉吐气，腰杆也直了不少。
而在连续开通了日本和马尼拉的通商直航之后，虽然时间并不长，但却给中国商人带来了明显的利益，有不少人都准备加大投资力度，大干一场，而小小的日本虽然敢拒绝和中国通商，而且还敢扣压中国的商船、抓捕人员，当然引起了不少人的愤怒。至少在民间，有不少人都认为应该好好教训日本一顿了。
另外在商毅的暗中安排下，被曰本抓捕的中国人的妻儿老小等家属、以及家人、伙计、学徒等也联合组织起来，到南京来商毅政府请愿，请南京政府出来，帮忙救回自已的亲人。而商毅也和行政部的官员们亲自出面，接见了请愿的代表们，并且表示南京政府将会尽全力解救被日本抓的人员。
再加上［杭州时报］在背后推波助澜，对日本的反感情绪的进一步扩大起来。就连一部份官员也都觉得曰本人做得确实有些太过份了，不愿和中国做生意就算了，干嘛扣船抓人呢。
在商毅的政府内，正统士大夫出身的官员并不多，相反由于江浙地区的商业发达，大多数的官员都和商人有着千丝万缕的联系，因此在商毅的统治区内，商人有较高的政治地位，在商毅的政府里，也有一批商人利益代言人，不过这股力量并不算大，还没有能左右政局的地步。
虽然在这时，商毅己经下令海军部开始准备对日作战，但在南京政府中，还没有提出对日本进行军事，只是把这做为一种解决问题的手段之一。而更多人则倾向于先向曰本幕府提出抗议，然后看日本幕府的态度，再作打算。
但就在这时，又传来日军袭击琉球，占领了首里城，并且下令驱逐所有中国人的消息。
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