《开元宝典》的墨香尚未散尽，其浩瀚篇幅中独立成门的“农桑医道”部，尤其是其中大量前所未见、图文并茂的医药新知，如巨石入水，在太常寺太医署、尚药局以及民间杏林之中，激起了远比“日心说”更为直接、也更为复杂的波澜。毕竟，星辰运转关乎观念，而医药生死，则切切实实关乎每个人的身体与伦常。当那些描绘着清晰人体骨骼、肌肉、内脏位置的“解剖图”，记载着用刀针处理外伤、痈疽甚至“剖腹取肠”的“外科要术”，以及强调“病气”（病菌）可通过接触、空气、虫媒传播，需以“沸水、烈酒、石灰、蒸熏”防范的“防疫辑要”，连同诸多前所未闻的药方、疗法一同被收录进煌煌国典时，引发的震动可想而知。
格物院医道馆，这个原本在八馆中相对低调、以整理古籍和搜集民间验方为主的分支，一夜之间被推到了风口浪尖。馆主秦鸣鹤，本就是京洛名医，曾以金针刺穴缓解高宗风疾而受赏识，被李瑾延请入格物院。他年近五旬，性情沉稳，精于针灸和内科，对《黄帝内经》、《伤寒论》钻研极深。起初，他对李瑾提出的“实证医理”、“解剖明形”、“外科技法”颇感疑虑，认为医道首重阴阳五行、脏腑气机，刀针金石乃不得已之下策，且“身体发肤，受之父母，不敢毁伤”，解剖人体有违人伦。但李瑾并未强求，只是让他先主持整理、验证《宝典》中计划收录的医药部分，尤其是那些来自民间、军队、乃至域外（如天竺、波斯）的奇方异术，并系统研究常见疾病的症状与疗法。
在整理过程中，秦鸣鹤和他的弟子们遇到了无数难题。许多古方记载模糊，药材异名繁多，剂量全凭“少许”、“适量”；对疾病起因的描述，多归为风寒暑湿、情志内伤或鬼神作祟，治疗方法则针、灸、药、咒禁混杂，疗效难以确证。更麻烦的是外科和伤科，军中金疮箭伤、民间痈疽骨折，死亡率、致残率极高，而传世医书对此记载简略，多强调“敛疮生肌”的方药，对清创、缝合、正骨手法、预防“溃烂”（感染）几乎无系统论述。
转折点出现在麟德十年夏。洛阳周边数县爆发“绞肠痧”（霍乱或急性肠胃炎）及“虏疮”（天花？）疫情，蔓延迅速，死者相枕。太医署派员救治，仍按伤寒、温病论治，效果不彰。李瑾紧急命令格物院介入，并授意秦鸣鹤尝试《宝典》编纂中已初步成形的“防疫法”：隔离病患，沸水消毒衣物器具，石灰水泼洒污染区，要求接触者以面巾（简易口罩）覆口鼻，并用高度蒸酒（尝试提纯的酒精）擦拭患处和医者手臂。同时，对“绞肠痧
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