和优秀学员，在城外一处僻静的庄园内，进行了第一次猕猴解剖。李瑾亲自到场监督。当那只被麻醉（使用了改进的麻沸散配合高度酒）的猕猴被固定好，秦鸣鹤手持一柄用沸水煮过、又在酒精灯上灼烧过的小刀，颤抖着划开皮毛时，所有人都屏住了呼吸。肌肉的纹理、筋膜的走向、骨骼的连接、内脏的位置…… 那些只在模糊传说和图谱中存在的结构，第一次如此真实、清晰地展现在一群医者面前。他们小心翼翼地分离、观察、记录、绘图，并与之前根据兽类推测的人体结构图进行比对、修正。
这次解剖本身，或许在医学史上微不足道，但对于在场的每一个人，其心理冲击是巨大的。神秘感被打破，代之以一种混杂着敬畏、激动和强烈求知欲的复杂情绪。原来，生命的构造如此精妙，又如此“实在”。
随后，野犬、家猪的解剖也陆续进行，并开始系统研究不同部位创伤的愈合过程，尝试不同的清创、缝合方法和药物。酒精的消毒作用被明确证实，煮沸布匹、器械的重要性得到强调。尽管“病菌”概念尚未提出，但“邪毒”、“腐气”可通过不洁之物传播的观念，以及“洁净避秽”的操作规范，开始在医学院内部成为铁律。
同时，秦鸣鹤通过私人关系，从刑部、大理寺的仵作那里，获得了部分无主尸身或死刑犯尸体的粗略检验记录（主要是体表特征、伤痕、骨骼损伤情况），并与解剖所见相互印证。他还秘密寻访了几位经验极为丰富、曾处理过严重腹部外伤（多为战场或意外）而侥幸存活病例的军中医官和民间疡医，记录下他们模糊的记忆和手法。
这些点点滴滴的知识，被不断整理、绘制、修正，形成了一系列更为精确的人体解剖图谱（仍标注大量存疑和推测）、外科手术器械图（设计了更小巧的刀、剪、钳、钩，并要求用精钢打造，便于煮沸消毒）、外伤处理规范、常见骨折固定法、以及针对痈疽、箭伤、刀伤、烧伤的分级处理方案。这些内容，被作为“疡科高级教本”，在医学院内部小范围传授。
麟德十一年秋，一场边境冲突中，数名重伤的唐军士卒被送回洛阳。军中医官束手无策。医学院请求介入。在得到兵部特许后，秦鸣鹤带领疡科学员，在严格消毒（沸水、酒精）和麻醉（改良麻沸散）下，为一名腹部贯通伤、肠管破裂的士兵进行了清创、肠管缝合、腹腔清理、腹壁缝合手术。术后，伤员被安置在专门准备的、保持洁净的隔离病房，由学员轮流监护，以糖盐水维持，外敷特制“玉红生肌膏”（一种改良的促进愈合药膏）。尽管伤
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