智者大师又作了第二种科判，他是根据「一时迹本二门」。就是说，智者大师在讲《法华经》的时候，他先把《法华经》分成两部分：就是前面的十四品叫迹门，后面的十四品叫本门。这个时候，「如是我闻，一时佛在王舍城」，这「一时佛」，这个时候有两种的佛。就「迹门」来说，是约着释迦牟尼佛这一期的应化，就是从两千五百多年前，在迦毗罗卫国的出生，乃至于出家、成道、转法 轮，在娑罗双树下入涅槃。约着迹门就是约着一期的应化身，「约迹门开权显实，开三乘的方便，显一佛乘的真实」。这个时候，前面的十四品是约迹门来开权显实。
其次，「一时佛」这时候的佛，我们也可以说是「本门」的佛，从第十五品〈从地涌出品〉，这时候，佛陀讲完《法华经》以后，就问与会大众：哪一个人能够付嘱流通《法华经》呢?这个时候，「从地涌出」，从大地涌出这些法身菩萨。这些法身菩萨，具足无量无边的功德，种种的三昧、陀罗尼。这个时候，与会的文殊菩萨、普贤菩萨都说：这些菩萨是怎么来的呢?「本所不见，本所不闻。」佛陀说：这些都是我过去教化的弟子。这些菩萨就说：佛陀，你成佛以来，才四十年到五十年左右，时间很短，你怎么能够教化这些大菩萨?这些大菩萨都是「已曾供养无量诸佛，植众德本，久修大事」。
佛陀这时候就开迹显本，就约着本门开近显远(远近的近)，开显久远劫来已经成佛的法身、报身。所以智者大师他解释「一时佛在王舍城」的时候，就是弘扬《法华经》的这个「佛」有两个，一个是迹门的佛，就是这一期的佛，前面的十四品就是约迹门开权显实;第二个佛是约本门，约本门开近显远。智者大师先分成迹本二门以后，又把「迹本二门各分三段」，序、正、流通。「〈法师〉等五品」都是「迹门流通」分。看第二段，第二段把第一段作个总结：
盖序必提一经之纲，流通则法施不壅，关系非小。后人不达，见经文稍涉义理，便判入正宗。致序及流通，仅存故套。安所称初语亦善，后语亦善也哉。
「盖」就是因为「序」分是「提」示「一经」的大「纲」，我们从大纲当中，能够知道本经的大概内涵。「流通则法施不壅」，流通分使令这样的法义，能够流通而没有障碍，所以这两分都是「关系非小」，这三分都有它的功能。但是「后人不」明白三分同等重要的观念，看到这个「经文稍涉义理」，便就把它「判入正宗」，使令「序」分、「流通」分只是一种形式，「故套」形式。怎么能够说是「初语亦善」、中语
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