欲相为消长，有天理即无人欲，有人欲即无天理。在经济思想方面，王怨批驳了企图恢复井田制的主张，认为井田之法令不可行。王怨于儒家经典及传注，每有新解。认为《论语·子罕》篇颜渊唱然叹曰：“仰之弥高，钻之弥坚，瞻之在前，忽焉在后”，系颜渊“言己不定见，非圣道之有高坚前后也”。谓朱熹《四书集注》以为系颜渊深知孔子之道无穷尽、无方体而叹之为“非是”。认为《春秋》系孔子根据左丘明所作鲁史而撰写，非左丘明据孔子所修《春秋》而作传。
关于心性问题，王恕认为，性乃天之所命，人之所受，性即天理之流行，因而性是善的，顺理而善者为性之本，不顺理而恶者非性之本。他不同意“已然之迹便是性”的说法，认为已然之迹已经有善有恶，故不能称为性。王氏言性，似乎排除了“气质之性”，而将其归结为纯善的天理之性。王恕认为性之理“甚微”，故当“尽心而穷究之”。“尽心”在“知性”之前，为“知性”的途径，所以他提出朱熹《四书集注》称“知性乃能尽心”为“不无颠倒”。
还成立三原学派，三原学派大抵推之事为之际，重在自得，不尚空谈，并注重气节。王恕认为，古之学者皆以言行为学，故无求饱求安者，志在敏事慎言；就有道而正之，正其所言、所行之是非，是者行之，非者改之。将学与行紧密结合为一体。
正因为有了这样一套理论，在做事上也就不折不扣地去做，王敬显然是活不成了，只能飞速回京去了，当时正碰上宦官尚铭也揭发王敬的罪状，还没等宪宗对王敬做出反应，就收到了南京王恕的奏疏，说是王敬等人在江南激起了民愤，船行至江河中时，被盗贼火铳流弹击中而亡。宪宗于是下旨将王敬其党徒十九人戍边充军，又把其首级送到南京。
王恕跟章子俊经过一场生死合作后，两人心照不宣成为“莫逆”，章子俊还把榆林军士穿戴所需的衣着，全包给了王恕孙子王安道，专门采购边军布料生意，后又给其族家侄儿王开寿经营起了平安镇高度酒、各种玻璃器皿及香水、花露水的生意。
朱祐樘即位后，才采纳廷臣的举荐，召王恕入朝任吏部尚书，不久加职太子太保。先前，朝内外弹劾内阁大学士刘吉的官员，必定举荐王恕，刘吉因此大为怨恨王恕。凡是王恕所推举的，他必定暗中阻挠。就这样章子俊无形中成为了刘吉的对头，被架在火架子上烤了起来，让章子俊离开平安镇去往云广之地，章子俊很明白处境，明面上是升任南京户部尚书，却是让自己牧守云桂，在明朝都知道那可是烟瘴之
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