这一次，带头逼宫的兵部尚书项忠被逼退休。一个月后，太子少保、吏部尚书兼谨身殿大学士商辂同样告老还乡。皇帝和文官集团之间的较量，远没有结束。此后重新掌权的汪直更是让文官们恨之入骨，皇权和相权之间还会有长期复杂的斗争。
汪直所做的事，就是朱见深的意思，加上汪直年轻气盛，拼命想在皇上跟前表现出能干，又没有多少学问，仅凭自己的小聪明，远没有怀恩老练，每兴一次大狱，文官集团就对汪直愤恨加深一次。同年，南京镇监覃力朋上京进贡后回去，用一百艘船只载运私盐，骚扰所过州县。武城县典史责问他，反倒被覃力朋击打，牙齿被打断，另有一人被射杀。汪直查访得知，报告给朱见深，结果覃力朋被逮捕，判处斩刑。覃力朋广施银子，后来侥幸得免，而朱见深通过此事认为汪直能探知奸情，便更加宠爱他。汪直于是任用锦衣卫百户韦瑛作为心腹，屡兴大狱。
在汪直兴大狱中，可以说有些文官自身手脚不清，难免在刑狱中处理太重，范围扩大，这就让文官集团恨之入骨。
汪直重新当上提督后有所收敛，对皇上更加忠心耿耿。成化十四年汪直经曾提出过重要建议，奏请皇帝按文科例设武科乡，其意义在于把武科扩大到乡试和会试，开设武举，使武举逐渐发展成为与一般文士考试相对等的体系，健全明朝的科举制度，像选拔进士那样选拔武官，这有利于武科人才的全面选拔。朱见深依他所言，试行数年，颇有成效。
朱见深更把汪直当成得力助手，命他前往辽东协助处理边疆事务，并可“便宜行事”，这等于给了他很大的权力。十六七岁的汪直，以另一种方式一路前行。
汪直得朱见深“便宜行事”之敕令，巡抚辽东，处置边务。 作为监军，出兵征讨建州女真三卫，大胜。汪直在辽东狠揍了建州女真一顿，这一战在明军五万人的打击下，女真军队被斩首630多人，活捉240多人。建州女真失败得很彻底，此战直接把后来努尔哈赤的老祖宗女真首领李满柱、董山杀死在乱军之中，让明朝东北边境安生了100多年，这场战役就是后世所谓的“成化犁庭”。大概因为败的耻辱，以至于在清史稿里边，没有详尽的纪录。事后，汪直受命总督禁军十二团营，开明代宦官专掌禁军的先河。
汪直于河套地区抵御蒙古鞑靼南下，大胜。鞑靼入侵河套地区，兵扰靖虏，汪直再次监军和兵部尚书王越商议，采取明修栈道暗度陈仓之计，保国公朱永率大军从南路走，汪直和王越则率少部人马沿边境往榆林收集
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