NERV本部员工和联合国监视部队撤离的同一时刻，消失许久的六号机再一次来到了封印初号机所在的近地轨道之上。
然而此时的它体内并没有任何驾驶员在操纵，原·六号机驾驶员诸薰仍然留在地表，留在第三新东京市的废墟之中。
现在的六号机，是由SEELE训练和制造的人工智慧傀儡系统进行控制，所有的行动模式都遵从委员会的指令来进行。
「约定的时刻到了，」从编号为01的漆黑石碑中，传来了委员会议长基路·
洛伦兹的声音，「此刻正是我们完成和莉莉丝之间契约的最好机会，人类补完计划将正式进入概括阶段。」
随着SEELE的一声令下，EVA六号机启动了自己的拟神性，巨大的光环浮现在视的头顶，近地轨道宇宙空间上的漆黑十字架封印棺上浮现了大量诅文字，整个十字架棺柠开始快速变形，逐渐展露出封印其中的EVA初号机。
此时的初号机完全是一副通体赤红色的完全核化状态，的双眼紧闭，四肢缺失，看不出一丝有意识存在的样子。
但一度神化、并且献祭了祭品的神之机体，永远都是触发冲击的扳机，再加上此时的神之六号机体内的「某位」，已经完全凑齐了一切启动冲击的条件。
被猩红色螺旋包围的漆黑Guf之门再次被打开了，如海啸一般的L力场自负宇宙涌出，以第三新东京市为中心，开始快速向外扩散。
「真正的第三次冲击...开始了！」
葛城美里的声音有些颤抖，但在得知了真相、并且提前做好了准备之後，她已经没有当初看到近·第三次冲击那麽慌乱了，加持良治从一旁揽住了她的肩膀，在这幅让她脊背发凉的地狱景象，多少让她得到些许慰藉。
「SEELE的这一轮打击是我们没办法阻止的，」加持良治沉声说道，「但上海支部和本部的残余力量加在一起，让我们仍然有反击的机会...诸司令也会帮助我们的。」
「SEELE的原六号机驾驶员渚薰，」赤木律子皱着眉头说道，「来自委员会的少年，你居然会这麽坚信他会遵守诺言，要知道那可是...」
「我当然相信他，」加持良治打断了律子的话，「不，应该说我们现在只能相信他，再也没有另外的选择了。」
就在众人说话之际，猩红的L力场浪潮已经追上了正在空中飞行的运输机，但却在接触黑色运输机前的一瞬间，被一股无形的力场阻挡了下来，不得寸进。
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