回安平城去。但这时郑芝龙早己视朱聿键为自己与清廷谈判的最大障碍，因此根本就置之不理，径自带领军队返回了安平。
尽管这时郑成功奉朱聿键之命，领军镇守分水关，并写信力劝郑芝龙不要撤军，但郑芝龙却停止对郑成功的粮草供应，郑成功百般无奈之下，也只好率军返回福州。
而这时朱聿键还在皇宫里等着郑芝龙来接自己，结果直到郑成功来见他时，这才恍然大悟，郑芝龙这是把自己仍给清军了，因此也大哭了起来。而郑成功见状，也十分难过，建议朱聿键趁着清军未进福建，让朱聿键赶到浙江去投靠商毅。
其实朱聿键也不是没有想过去投靠商毅，毕竟商毅的实力不仅比郑芝龙强，而在抗清的立场上，也比郑芝龙坚定得多。但商毅始终坚持对每一位明室的皇帝都予以承认的态度，显然是打算在南明各势力中左右逢源，这也让朱聿键对他颇不放心。但现在朱聿键也没有别的选择余地，郑芝龙己经将自己弃之如敝屣，而何滕蛟又远在湖南，远水不解近渴，因此只能听从了郑成功的建议。
从福州去杭州，最理想的当然是走海路，这样就可以完全躲开清军，郑成功也是这样建议，但郑芝龙在撤离福州的时候，把所有的船只全都带走了，现在福州海边只有一些小渔船，不仅出不了远海，而且每条船只能载十余人，而朱聿键现在好歹也是皇帝一份，架子总是有的，亲随人等也有上百号，当然不可能乘这种小渔船去浙江。因此郑成功决定把所率的数百士兵留在福州，保护朱聿鍵，自己亲自赶到泉州去寻找船只，然后再来接朱聿键。
那知郑成功刚离开福州，清军就开始行动。这时清军己经突破大杉岭，占领了邵武府，但因为商家军复夺仙霞岭，清军不敢轻易进入建宁府，因此沿着建江东进，直扑福州，目标自然就是朱聿键了。
由于郑芝龙撤军，将建江沿岸的关隘全守拱守让给淸军，结果清军的进攻十分迅速，一天至少可以推进一百五十余里，只用了二天的时间，就攻占了延平府，然后直扑福州而来。
在福州隆武朝廷的许多官员眼看清军的大军进逼，而福州几乎是门户大开，有的根本就不理朱聿键，纷纷逃亡，还有不少人向清军投递降表。就连军队也逃亡了大半。
而这时郑成功还没有消息，朱聿键也不禁大为恐慌，也不敢在福州停留，决计冒险北进，逃入浙江去。朱聿键的打算是出了福州之后，先沿海向北行，到达褔宁州，然后想办法进入浙江，如果郑成功找到船只，也可以从海路赶到福宁州来，
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