鲁南战役结束以后，商毅下令，留下王信的笫三师分别驻守淮安府和扬州，罗远斌的第四师驻守泗州,其他人马返回浙江驻扎，并将这一胜利的消息发向南京。
这时南京的动乱也终于被平定了下來，南明的南京朝廷总算是慢慢的开始恢复了正常状态，并且能够得以继续运行下去。
原來在史可法带着商毅上疏回到了南京的时候，南京还是一遍混乱，城中暴徒到处滋事，打架抢劫从來就沒有停止过，百姓伤亡己达数千人，南京的守备勋臣赵之龙手下虽然有好几干士兵，但每天都躲在府里，只派士兵把守备府保护得水泄通。
要不史可法回京时还带着心腹大将史德威和商毅送给他的一个营的卫队，差一点都进不了南京城。而进城之后，只家家户户，关门闭户，买卖商铺也都停止营业，街头巷尾几乎空无一人，不时还可以看到地上躺着百姓的尸体，若大的南京城显得死气沉沉。
而在朝中，跟本就无人理事，另外南京城外的黄得功和刘良佐都己连上三份疏本，向朝廷质问马士英的死因，而且言词也越來越激烈，官员们只顾着互相争吵指责，推御自己的责任，整个朝廷几乎成了一个乱摊子，吴甡虽然想维持大局，但也是有心无力。
幸好这时史可法回京，也给朝廷上下打了一针强心剂，毕竟这时江淮战役中，史可法也一直坚守在扬州，在胜利之后也获得不少威信，因此大部份官员也都盼着史可法能够拔乱反正，恢复南京的秩序。而朱由崧也立刻加封史可法为兵部尚书并出任内阁首辅，马上整顿南京的秩序。
到底是经过了生死的战场，史可法总算是也学到了一些决断之力，首先立刻代商毅上奏给朝廷，并向整个南方宣布商毅对南京朝廷的支持态度。然后严令南京城中的百姓严守秩序，又把商毅给他的一个卫队营分成四部，在南京城中抓捕暴徒，敢拒捕者一率当场格杀，然后又强命令赵之龙,命他立刻分派人马，维持南京秩序，否则就撤职另选他人。
赵之龙这回也不敢不从了，只好调动人马，在南京城中巡逻搜查。而商家军也狠狠打击了几伙暴乱势力，结果只用了二三天时间，立刻使南京的秩序大为改观。
随后史可法又只身亲往驻守芜湖的黄得功大营，对其晓以大义，安抚黄得功部的军心，并声明朝廷只诛马士英一人，绝不牵连其人，让黄得功放心。
黄得功对史可法到是还有几分敬意，而且现在也知道商毅的上疏內容,看來商毅是支持南京朝廷的，又得到了史可法的保证，不会受马
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