这一战一直打到了第二天正午才结束，叛军的主力终于被商家军击溃。但由于战场过于零乱,因此直到当天傍晚时分，战果才初步统计出来，这一战一共杀死叛军二万五千余，其中有近半数是烧死或自相践踏而死，生擒一万五千余人，才加上散逃的叛军，可以说确实是其本消灭了叛军的主力。而商家军自身的伤亡还不足百人。
不过叛军的主将马进忠又一次逃脱了性命，但这时他身边也只剩下两三百余人了，马进忠心里也知道，这一次基本可以算是全军覆没，虽然主要是因为商家军过于强大的原因，但自己身为全军的主将，自然也是难逃其责，回到杭州只怕也没有好结果。而且遭此一败，玄皇教也元气大伤，十年之内，恐怕难以再有大作为了。因此马进忠也不回杭州，带着这二三百人逃离了浙江，脫离玄皇教另寻去处。
商毅对战果也十分满意，在第二天只留了杨武丞的骑兵营、一个新兵营和辅兵看守俘虏，率其余的人马，趁胜进军，去攻取杭州。
那知商家军的人马到达了杭州城西北角的武林门前的时候，只见武林门的城门大开，吊桥放下，全无设防，竟然沒有一名叛军的士兵守卫。不过隐隐听到城中有喊叫的声音，而且不时还有百姓从城里跑了出来，还都是十分惊慌的样子。
商毅也不禁觉得有些意外，拦住了几个跑出来的百姓询问，杭州城里，到底发生了什么事情。
见是官军来了，百姓们才稍稍有些放心，这才向商毅说起城中的情况，原来自从叛军占领了杭州城之后，对城中的大户富豪人家里进行掠夺，钱财物资抢获一空，充为军用，当然这期间也杀了不少人，但对一般的平民百姓，甚致是小康之家，没有过多的迫害，更没有像流寇那样屠城，而且城中的秩序也有一定的恢复，毕竟叛军是打算把杭州作为自己的根据地。
但不知为什么，从昨天晚上开始，叛军的士兵就在城中四处抢夺，也不分富户穷人，见什么抢什么，稍有反抗就格杀勿论，还放火烧毁了一些房屋。因此城中的秩序也大乱了起来。而且在天亮之后，有人看见一部份叛军赶着马车，逃出城去。但城里还是留下了不少叛军，同时也更为凶恶，烧杀抡掠，什么事都做，于是许多百姓都逃出城避难。
商毅听他们说完之后，估计是玄皇教见大势以去，死守杭州城以经毫无意义，因此只完留下一部份精英，撤离杭州，或隐居起来，或另投他处，而其他招募拉陇的叛军士兵，也就都弃之不理了。而其他被弃的士兵无人约束，又充满了绝望的情绪，只能借用杀
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