在建设穆陵关的同时,商毅当然也没有忘记对军队的整编,正所谓足基础建设和军队建设，这两手都要硬。
现在商毅在穆陵关的军队是一千人的标准，按照商毅的想法，将主力团全部的九个小队都编入正规的军队中。当然对团兵还是征求他们的态度，以自愿为原则。
这时商毅在民团中以经建立了崇高的威信，而且也得到三位村长的全力支持，加上民团成立之后的这两个多月里，商毅对团兵的月钱一直都按时足量发放，由其是打了这几场胜仗之后，毎一个团兵们也多多少少都得到了一些额外的奖励，也更使团兵们对商毅也充满了近乎于盲目的相信，使他们觉得，只要是在商毅的带下，自己就不会打败战。
因此在征求意见时，绝大部分人都愿意从军，跟着商毅干下去，说不定曰后还能混出个什么明堂来呢。只有二十几人不愿意成为军籍，商毅对此也不免强，只足从辅助团的青年团中选出一部分人来，将各小队补充满员。这样穆陵关千总司的总兵力为八百一十人。而原来主力团九个小队的队长都在穆陵关里担任把总，唐镇出任商毅的副手。
在主力团改编入军藉的同时，三村民团依然继续保留下去，因为现在清军以经打进来了，仅仅只靠穆陵关千总司的兵力，不足以抵抗清军的进攻。民团保留下去，对千总司也是一个有力的补充。对这一点，三位村长也沒有反对。
于是商毅又对民团进行一次改组，将原来的辅助团的青年团全部提升为主力团，而他们的实际待遇也和以经转入军籍的团兵一样，只是没有军籍而己。
对这次改组，也釆用自愿的原则，在一部份人退出之后，仍然还有八百八十六人愿意留下来。商毅将退出的人和原来的十三个壮年辅助团一起，编成了新的辅助团，一共有十四个小队，农忙是务安、安闲时练兵，并付责日常保卫村子的工作和官兵的后勤辅助，在必要的时候，做为官兵的补充，这一点是带强制性，是毎一个成年村民必尽的义务。
而其余愿意升级为主力团的团兵们的仍然按穆陵关的官兵编制，也分为六个步兵队，一个骑兵和一个侦察队。各队实际都划规各把总管辖，跟官兵一起训练，这实际上，就等于是把穆陵关的兵力扩大了一倍。
其实商毅本来还打算按照后世现代军队的编制方法，将军队整个进行一次重组，但也考虑到现在这个时机还不成熟，因此也就暂时作罢。
对少年团，商毅也是釆用自愿原则，当然还要经过他们父母的同意，分别编制为主力少年团和辅
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