陆军将领狄井槟榔、秦田来津得到惨败的消息后，也率部乘船回国了。这就是著名的白江口之战。
倭国中大兄皇子担心唐国和新罗乘势进攻倭国本土，下令建造四道防线，并迁都到近江大津宫。此后的九百多年间，倭国不敢再入侵朝鲜半岛。此战后，倭国又派出遣唐使，开始全面学**唐先进的制度、技术和文化。
百济将军沙吒相如、黑齿常之又率部再次归降大唐，刘仁轨看他们忠勇有谋，又懂得感恩，所以送给粮仗，命他们率部进攻迟受信占据的任存城。
任存城很快被黑齿常之攻下，迟受信抛弃其妻子逃走，投奔高句丽，百济复兴军被彻底消灭了。
平定百济后，孙仁师和刘仁愿振旅而还，刘仁轨勒兵镇守熊津都督府。
刘仁愿回到京师后，李治在蓬莱宫宴请他，问：“卿在海东，前后奏请，都符合事宜，并且雅有文理。卿本是武将，怎么会如此通文达理呢？”
刘仁愿对：“都是刘仁轨写的，文书表章非臣所长啊！”李治点头深表叹赏，下令超加刘仁轨官级六阶，正授带方州刺史，并赐长安城豪宅一区，又厚赐他的妻子，派遣使者携带皇帝亲笔玺书前往劳勉。
刘仁轨感激李治的知遇之恩，披肝沥胆，感恩戴德，尽心尽力治理百济故土。主要做法是：
① 收敛战乱遗留的骸骨，派人掩埋吊祭。
② 开通道路，整理村落，建立桥梁，补葺堤堰，修复陂塘。
③ 劝农耕种，赈给贫乏，存问孤老。
④ 颁布宗庙忌讳，建立皇家社稷。
⑤ 经营屯田，积粮抚士，以经略高句丽。
在刘仁轨的善政治理下，百济民众安居乐业，经济开始恢复增长！
麟德元年十月，李治派遣右威卫将军刘仁愿带兵渡海以换防，敕刘仁轨带旧镇兵西还。刘仁轨上表陈述利害，自请留镇海东。李治同意。
百济太子扶余隆在安抚民众方面做得很好，受到唐朝的表彰。李治想调和百济与新罗的关系，命扶余隆与新罗王金法敏释去旧怨，建立同盟。
麟德二年八月十三日，扶余隆与金法敏同盟于熊津城，刘仁轨和刘仁愿遵旨劝谕双方和好，并站在一旁监督盟誓。
刘仁轨大声宣读誓词道：“新罗和百济会盟，修百年之好，立百济太子、司稼正卿扶余隆为熊津都督，守其祭祀，保其桑梓，依倚新罗，各除宿憾，结好和亲！”观礼者一齐鼓掌欢迎。
同盟任务完成后，
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