正德五年，四月。
三大将军、文武百官、铁胆神侯以及十数名东厂和锦衣卫高层向皇上上奏，揭发了刘瑾的十七条大罪。
【索贿、受贿、贪污，排斥异己，陷害忠良。为增加权势，刘瑾在锦衣卫和东厂之上，又建立特务组织“内行厂”监督官吏和百姓，制造恐怖气氛，大小官员稍有不从，无不遭打击迫害，甚至投狱冤死。】
朝堂之上，正德不禁大吃一惊，命令将已经濒死的刘瑾抓捕审问。
第二天，皇上亲自出马，去抄刘瑾的家。从其家中查出金银数百万两，并有伪玺、玉带等违禁物。在刘瑾经常拿着的扇子中也发现了两把匕首。
事实胜于雄辩，正德见状大怒，终于相信刘瑾谋反的事实，下诏将刘瑾凌迟处死，并让户部统计刘瑾所贪污，以及相关账单影响。
户部所属官员三天三夜不眠不休终于计算出来，这刘瑾，实在是祸国殃民。
国库、内库所有账单均是有大笔亏空，其贪污涉桉的的黄金多达两百五十万两，白银五千万余两，其他珍宝细软无数。
至于为什么只查抄出来一百多万两，必定是这刘瑾老奸巨猾还有私库，刑部已经着令派人调查，务必将朝廷的损失全部补回来。
刘瑾担任督主时间所作的一系列的政策，一次性全部被废除。
比如：
一：裁撤官员。
这些时间，刘瑾总计在天顺、陕西三边总制等地，裁撤官员数千名，此事之后均得到复辟，重用。
二：抑制恩荫。
刘瑾用事时期，朝廷抑制恩荫的措施主要集中在官员封赠和群臣荫子两个方面。
其掌事期间，缩小了文官、勋戚的加赠范围。即正一品、从一品有政绩者，可以加赠。正二品至正五品之间的官员，无论政绩如何，俱不予加赠。
勋臣须有军功、文职二品以上须政绩显着，才可加赠。如果政绩平平，则无论品级高低，所有官员一律不予加赠。
如此作为实在寒了天下士子、官员、勋贵之心，当然要被废除。
三：翰林官调部属、外任
之前，在升迁方法上，翰林官的升迁，《明会典》云：“凡詹事府、翰林院掌印官缺，俱从内阁推补。”
刘瑾上位之后，此次则改变为由吏部拟定名单，由皇帝裁决。更为重要的是，不少翰林官员被调任为部属官、地方官。
如此作为，大违祖宗之法，百官众臣齐说这刘瑾祸
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