率领朝鲜军队进入本州岛正面牵制德川家光的力量，然后命令织田信衡继续在四国岛清楚幕府的残余势力，稳定岛内的统治。
当然朱由校知道这种局面不会持续太久，德川忠长和织田信衡一旦羽翼丰满就会和明朝撕破脸，所以他一面派出使者调停日本的内战，一面积极调拨军队和辎重，寻找时机介入这场战争。
此时德川家光独揽大权，对于内部的叛乱非常懊恼，他虽然知道叛军的背后都有明朝的影子，但他自知现在还不能公然对抗明朝。为了尽快消灭这些叛军，他决定向明朝递交国书，表示愿意以大明为宗主国，定期到京师朝贡，同时要求明朝出兵牵制濑户内海的英格兰舰队。
对于德川家光的盛情邀请，朱由校当然不会放过这个千载难逢的机会，他不但派出海军精锐进入江户外海，还动员二十万大军分三路占领九州岛。
第一路由洪承畴、沈有容、郑芝龙指挥，率领商人武装、朝鲜军队共三万人从鹿儿岛登陆，然后由南向北推进。
第二路由袁可立、熊文灿、颜思齐指挥，率领明、台、吕宋将士六万人占领福冈，修筑工事防止本州岛的幕府军反扑。
第三路由南居益、蒋德璟、甘辉指挥，率明朝水师精锐十一万人直扑长崎，在李国助、杨天生等人的配合下稳定长崎城内的局势，然后兵分两路向鹿儿岛和福冈推进，在其他两路军队的配合下夹击岛内的反抗力量。
熊廷弼、商周祚、毛文龙负责远征军的后勤补给，确保从明朝境内和朝鲜运送的兵源、辎重能够顺利的进入九州岛。同时封锁台湾海峡，禁止外国船只出入，所有的海外贸易暂时在泉州和广州进行。
大军出征，浩浩荡荡，锦旗无数，遮天蔽日。朱由校检阅完三军后天色早已迟暮，当夜决定在沙滩上来一场别具一格的篝火盛宴，借此向主要将领摊牌。
当晚繁星点点，海风吹打着军旗响声瑟瑟，身后的海浪奋不顾身的拍碎在礁石上。朱由校与众将士合唱了几首军歌后，这才起身举杯说道：
“此番三路大军共计二十万人，加上预备队和后勤人员，总兵力超过一百万人。朝廷如此兴师动众目的只有一个，那就是消灭倭寇，将日本纳入明朝版图，彻底解决大洋争霸的后顾之忧。
兵法云‘将在外君命有所不受’，朕不会干预前线的作战指挥，你们尽情的放开了来打，打赢了朕给你们封侯授爵，打输了朕替你们抚恤家人。总之，这场远征只有一方可以活下来，那就是我们，正义必胜！”
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