司郎中王本立倚恃皇帝宠信，骄横跋扈。狄仁杰弹劾王本立，请求将其交付法司审理。但唐高宗却下诏宽宥。狄仁杰谏道：“国家虽然缺乏人才，但却不缺少王本立这种人。陛下为何要爱惜此人，而亏损王法呢？如果陛下一定要宽赦王本立，就请把臣放逐到无人之地，作为以后的忠贞之臣的警戒！”王本立因此被治罪。
后来，狄仁杰弹劾司农卿韦机，称其所督建的宿羽、高山、上阳等宫室太过壮丽。唐高宗遂将韦机免职，自此朝廷风纪肃然。
劝谏皇帝
左威卫大将军权善才、右监门中郎将范怀义误砍昭陵（唐太宗的陵墓）柏树，论罪应当免职，但唐高宗盛怒之下却要处死他们。狄仁杰却上奏辩护，认为二人罪不至死。唐高宗怒道：“他们砍伐昭陵柏树，置我于不孝之地，必须处死。”狄仁杰直言道：“汉朝时有人盗取高庙玉环，汉文帝想要灭其族。张释之当廷诤谏道：‘假如盗取长陵一抔土，又将如何治罪？’汉文帝因此只杀其一人。陛下的律法悬挂在宫外阙门上，罪不至死而要处死他们，如何取信于天下？现在只因误砍一棵柏树，便杀掉二位大臣，后世又将如何看待陛下？”高宗怒气稍解，免去二人的死罪。
狄仁杰担任宰相时，有太学生要求谒见皇帝，得到武则天的批准。狄仁杰劝谏道：“君主只有生杀权柄不能假手于人，其他的都应当交付给相关部门处理。太学生告见，这是国子监丞、主簿负责的职责。如果天子连这种事都允许，那些贵胄弟子多达数千人，得下多少诏令呢？陛下只要只要将明文规定告诉他们就行了。”武则天听取了他的意见。
武则天到三阳宫避暑时，答应胡僧去参观埋葬佛舍利。狄仁杰跪在武则天马前，劝谏道：“佛是戎狄之神，不值得让皇帝屈尊驾临。胡僧诡计多端，是想借此迷惑百姓。况且，沿途山路艰险狭窄，容纳不下多少侍卫。皇帝乃是万乘之尊，不宜前往。”武则天便中途折回，道：“我是为了成全狄公的直臣之气。”
武则天晚年时，欲铸造一座浮屠佛像，需要花费钱财数百万，因府库不足，便让天下的僧人每日施舍一钱相助。狄仁杰进谏道：“做工不可能役使鬼神，必定要役使人力；庄稼不会从天上掉下来，终究是由地里长出来的。这么做损害的一定是百姓。如今边境尚未安宁，您应放宽徭役，免去不需急办的事务。即使雇请工匠劳作，以此接济穷人，但耽误农时，也是放弃国家根本。铸造佛像，既费官府库财，又耗人力，如果一方发生灾难，到时又用什么去救济呢？”武则天遂作罢。
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