对于扫灭所有反抗阴谋势力和孝陵前处决的威慑，朱慈烺内心并未激起多达波澜，这些事情他已习以为常了。
下免就是善后和安排官员安抚各地，更加全面的掌管整个江南，为大明的发展打下基础。
相关政策十部各官已经按部就班的实行，朱慈烺只需要考虑战略问题，制定政策。
现在漕运总督、南直隶巡抚等位置空缺，朱慈烺决定任命卢象升为漕运总督，调湖广巡抚方孔照为南直隶巡抚，宋应星为国子监为国子监祭酒。
他又以阎应元、张煌言等人补充为南直隶各府地方官的空缺，对支持新政的原复社士子陈贞慧等人补充礼部等部门空出的位置。
卢象升丁忧已经结束，朱慈烺原本是让其担任南直隶巡抚的，想想大明的流官制，担心皇帝老子的犟脾气耍性子不批，于是退而求其次，让卢象升整治漕运。
原湖广巡抚方孔照也是太子党的成员，由他调任南直隶最好不过，只是湖广巡抚的人选朱慈烺看一时没有适合的人选。
对于朱大典的善后，朱慈烺下令将刺杀朱大典的李大海凌迟处死，并掏出心、肝在朱大典的坟前致祭。
朱慈烺已经上书崇祯，追封朱大典为婺安伯、太子太保，议谥号“文肃”，按照巡抚阵亡例赐恤，入祀“忠烈祠”。
朱大典的几个子嗣皆有升官，长子朱万化升应天府府尹，次子朱万文升淮安府知府，三子朱万武在天武军中，外放松江府守备，四子朱万杰赏刑部员外郎，五子朱万雄赏礼部行走，长孙朱钰入南京国子监学习。
朱慈烺虽然对敌暴戾，但对追随自己的文臣武将一向不吝赏赐，给朱大典封伯已经是他尽最大努力争取了，日后称帝，他还准备追封朱大典为侯爵，以示对追随者的恩泽。
朱慈烺在考虑湖广巡抚的人选时，想到了丁忧结束的史可法。
听闻史可法为官无私清廉，两袖清风，可比包公、海瑞，他身为文武高官，食不甘味，寝不解衣，过年时将分到的肉食全分给将士，自己只用盐和酱油下酒。
朝中大臣们都不相信当过漕运总督的史可法不贪，崇祯皇帝也不信，派人在史可法丁忧回家的路上盘查，只在箱中找到几把扇子、酒杯和奏本，满朝文武不禁对他肃然起敬。
朱慈烺也敬佩史可法的为人，只是史可法出身东林，让他有些担心会不会抵制新政，不放心将湖广巡抚如此重要的职位让其担任。
史可法奉命进宫后，并没有化身圣人说教朱慈烺
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